值会很高。我只在这里提出直观的观察。我在谷歌学术订阅了这篇论文的引用邮件，会收到谷歌学术定时发来的引用情况，即这篇论文又被哪些新的论文或专利引用。我注意到，许多远离蛋白质结构预测的领域也在引用

的论文，因为解决了困扰科学界半个世纪的难题，至今，短短14个月，已经被引用了4675次（2022.8.24）。一个国家的高被引论文越多，彰显这个国家的科研实力越强。——

书，除了文献学、版本学等意义，最重要的是“被阅读”的意义。一本1950年出版的书与一本2022年出版的书，版本内容完全一致，一者是第一次印刷，一者是第三十七次印刷。当这两本书同时被捐给图书馆，图书馆原则上会接受更新、品相更好的那一本。这也是为什么许多图书馆不接受旧书捐赠，定期清理馆藏的原因：旧书——旧。旧书的去处呢？我们大部分人的大部分藏书，在我们死后，大抵都是如此结局——被丢弃。电子时代，“丢弃”更加简单——

Flückiger（1957-）是苏黎世大学的电影学正教授。她有个人主页：http://www.zauberklang.ch/。没有随夫姓，看来是一位精神独立，财务更独立的先锋女士。Barbara

10.1126/science.add7226这篇新闻报道提到了4篇最新的bioRxiv上的预印本论文，来自于四个国家的不同研究机构的不同领域的课题组：比利时天主教鲁汶大学，病毒学家

最近帮大伯的孙子填志愿，有点愁。愁的不是上不上科大，复不复读冲清华——大侄子的分数差得远。在安徽，全省前50上清华，全省前500上科大，一个省三十万理科考生，前50还是前500，在我看来，等于没有差别。双重意义地没有差别：学生能力没有差别，学校水平没有差别。可是，大部分冲上了一本线、二本线的考生要面对的，是前5万名，前10万名，前15万名，选什么学校。几万名、十万名还是有差别的。如果，今年考上了合肥学院，要不要复读明年冲光华学院，不去霸都去帝都？本号的老读者知道小王是从科大毕业的。2012年秋去美国留学，13年冬季学期结束后，有一周春假，想着反正拿

所披露的信息太少了，毕竟一家去年10月才注册成立的公司，又能指望它在半年多一点的时间做出什么里程碑或建立什么战略合作关系呢？又不是一些国内的AI公司。目前唯一丰富的信息是

2021年五一，笔者携夫人专程去上海拜访了一位家族长辈，94岁老人，王承林。王承林先生是解放后的中共上海地下党，曾任上海黄浦区回民小学（前敦化私立小学）校长、上海伊斯兰协会委员、上海市人大代表。60、70年困难时期，曾在小学同时兼授语、数、英、音乐多门课程。王承林的夫人，杨铮声女士，是解放前和解放后的中共上海地下党员。王承林老人出生于1927年，是笔者的堂叔曾祖，家族的第十七代，他与笔者的曾祖父是隔九代堂兄弟（9th

中文语境里，某某女士取得极大成就、极重贡献、极高荣誉、极崇地位后，就当得起“先生”这一称谓。例如，何香凝先生，宋庆龄先生，冰心先生，杨绛先生，吴健雄先生，叶嘉莹先生，屠呦呦先生。但是，倘若我们在街上向随便一位男子问路，礼貌一点的，还是会说“先生您好，请问某地怎么走？”

的获奖项目。终极基因组的第一份专利长达150页（前80页是图），描述了在DNA测序平台上使用的成像系统。底物在旋转的底盘上（左），让人联想起一家已经死掉的初创公司

说：拜登政府懦弱而愚蠢（sheepishly）地向新冠大流行挥舞比赛终止的信号旗。如果你仔细观察，你能看到拜登政府的要员自己在声称大流行结束的时候都是畏缩的。首席医疗顾问福奇告诉

引用朋友、同事、大佬的工作。这个现象说是广泛存在的潜规则也可以。只要不过分，审稿人不会质疑。这部分非直接相关的、给领域内大佬的引用，其实是对新论文本身的背书。譬如，时下计算生物学最火爆的论文莫过于

曾在知乎上看到一个问题：生化环材等天坑专业学生的大学第一课是怎样的？我是十多年前进入科大学习的，以第一志愿进了生命学院。老实说，我已经不记得正式开学后的第一堂课是《单变量微积分》还是《无机化学》还是《生命科学导论》了，太久了。然而，我至今记忆犹新的是：上完第一节《生命科学导论》后，我立刻给我的高中生物老师打了电话，“今天给我们上第一节生物课的是中科院院士！”给我们这一群刚结束军训的啥都不懂的大一新生上课的是施蕴渝（1942-）院士，是我们生院的老院长，科大608校友，是我们的大大大大大师姐。我们都喊她施奶奶。施奶奶的学术成绩很多，单说一条与小王相关的：施奶奶是中国最早做蛋白质分子动力学模拟的科学家。昨天（2022.4.21）是施奶奶的八十周岁华诞。施蕴渝院士（右，2021年摄，来源：网络）最资深、最有教学经验的教授给最年轻、最缺乏本科学习经验的学生上课，是科大自建校之初坚持至今的传统。大二之后我去数学系蹭课，一年级的《数学分析》由做过科大副校长的史济怀（1935-）爷爷亲讲。后来出国留学，我还碰到过上过史爷爷课的科大第一届（58级）老校友。是的，史济怀从1958年就开始给本科生上课了，直到我去蹭课，还在教学一线，长达50余年。以我个人的粗浅认识，在比较过若干所国内高校编写的微积分、高等数学导论、数学分析的教材后，我认为中国最好的数学分析教材是史济怀、常庚哲编写的《数学分析（上下）》。对已经在科大待了一段时间的学生而言，大教授给小学生授课是习以为常的——越是基础课，由越是资深的教授亲讲。但是，对于刚刚离开高中的没见过世面的小朋友来说，一位中科院院士亲自上课，从学期初讲到学期末，全程亲讲，不由旁人代理，那感觉只能是“受宠若惊”，相当震撼！施奶奶就是这般朴素和蔼的老师。日常骑一辆破自行车来到她自己拨款建成的新生院大楼给我们上课。施奶奶也是很严格的！施奶奶日常会看生物各学科的新出的教材。除了教育我们，她还会教育院内的年轻教授，在科研之余，不能对忽略本科基础教程的教材的阅读：旧教材要常读，同一门课新出版教材也要跟踪及时阅读。《生命科学导论》的课本是她亲自挑选的，清华大学吴庆余老师新出的《基础生命科学》。这本教材，我认为是国内不多的，由名校一线教授花费巨量精力和时间编写的，图文并茂的本科基础课程教材。全书由铜版纸印刷，全书制图均由吴教授与美编重新绘制定稿；并且吴教授还自己翻译全书为英文版，给大一新生很好的学习英文的机会。——

除港澳台，中国共337个直辖市、地级市（293个地级市、30个自治州、7个地区、3个盟）。笔者从公开的各地方政府网站公告、省市区县乡镇疾控网站公告、地方医院官网介绍、地方报纸网站等，尽可能地，查询了各地的重症医疗救护资源和新冠疫苗接种情况。并不是每一座城市都有如上海或香港，甚至新加坡，甚至纽约市，一样丰富的医疗资源。眼下，笔者完全没有信心去拿譬如安徽省宿州市（人均GDP

二季度财报https://www.sec.gov/Archives/edgar/data/863894/000119312521158300/d118003dex991.htm[2]

有些事情落在自己头上才会产生真实的想法。家家谁没有老人，谁没有孩子？我国内地的医疗资源到底如何？3月28日晨，安徽省马鞍山市宣布解封。这是时隔2年，马鞍山第一次爆发局部疫情，确诊病例

弃医从文之初，26岁的鲁迅写过四篇文言论文：《人之历史》、《科学史教篇》、《文化偏至论》、《摩罗诗力说》。这四篇文章后来被收录在1927年初版的杂文集《坟》。《坟》中的名篇，如《论雷峰塔的倒掉》、《论“他妈的”》、《论“费尔泼赖”应该缓行》等白话杂文，大家耳熟能详，而前四篇文言文则多多少少由于阅读难度大而曲高和寡。特别地，前两篇《人之历史》与《科学史教篇》更因为其书写的是科学与科学史，在文史界的讨论并不多。鲁迅先生与当今主流作家或文学家的其中一点绝大不同是：因为早年的习医经历，鲁迅有基本的现代科学（物理、化学、生物学等）训练和理解，因此他在讨论文史哲之时，也颇能基于科学做唯物主义的思考。这体现在，他在针砭时事时不做形而上的居高临下的道德审判，而能统综事实、演绎逻辑、辩证讨论——这在《坟》的白话文杂文中多处体现：鲁迅的推导论证式的讽刺辛辣、中的，令人拍案。这里，我想与大家分享《人之历史》——

MSA，计算序列中每一对氨基酸的初始嵌入（embedding）；使用神经网络处理上述初始嵌入，获得最终嵌入；由最终嵌入，预测蛋白质结构。此专利出现的公式不多，我们从声索（claim）看它与

上周六（2022.2.12）凌晨，我笔伐了饶毅老师（而非笔伐他的女儿）：《饶毅的女儿是靠校排球队申上耶鲁的吗？》饶毅老师对网络讨论作了回应：同日上午，《如何成功地录取美国的大学》次日，《万般皆下品，唯有教书高》三日，《三个诺奖得主看上去“簇拥“着一个上高中的孩子》四日，即今日，《除了精神病人，没有人践行“平均主义”。定规则应该注意现实可行的公平》我的个人公众号“小王随笔”的后台收到大量反馈，大略分为三类：赞扬和鼓励；分享更多的信息，例如耶鲁体育特长生家长；批评，包括礼貌的讨论和

饶毅老师是小王一直信任，甚至信仰，的科学家、公共知识分子、中国科学界的良心。今天，小王读到了一些内容，查到了一些内容，根本地动摇了饶毅老师的言论在我的观念里的可信度。作为一个老实人，我很失望！本周二、周三，饶老师接连在“饶议科学”发文公开声援朱松纯老师的二女儿，朱易。2022.2.9：朱易事件：要人人善良不现实，有恻隐之心不过分2022.2.8：为朱易鼓掌目前的北京冬奥期间，谷爱凌和朱易可能是话题性最强的两位运动员了。甚至，我在芝加哥的同门师弟，一位美国南亚裔兄弟，都在邮件中问我怎么看她俩。我回复说，我不看……

AlphaFold2，预测并公布了人类全蛋白质组和另外20种模式生物的全蛋白质组的结构，总数多达35万个，并且其预计在2022年将完成1.3亿条蛋白质序列的结构预测。专刊共发表了5篇评论，分别是

mutation）。这三个例子举得很好，小王认为值得与大家分享一下。这三个反例分别包含2个结构：天然结构（WT）和结构被破坏的突变体（structure-disrupting

计算简单，物理意义明了，但它有一些明显的缺点：计算强烈依赖于两个结构的重叠对齐算法；无法区分整体的结构拓扑；对结构的缺失部分不敏感；有链长依赖。对2、3，通常，边角灵活区域的结构浮动所造成的

公司用来研究分子生物学、物理学、数学等等各领域最难、最重要的课题之一；有的公司则拿投资人的钱去投资。不能不说是格局差异吧？与拿租来的房子转租相差仿佛？笔者想特别请大家注意

是小王的个人号，内容不垂直，目标不明确。本号宗旨：理实交融，益智厚生。内容主要是：科学、科学史等。鉴于小王的价值观：“天不生教员，万古长如夜”，viva

www.science.org/content/article/sequence-every-newborn-s-dna-despite-obstacles-uk-pushes-ahead[2]

每晚回家就找点理论问题解一解，练练脑子。渐渐地，他发现他感兴趣的、想解决的问题越来越大，以至于需要一个团队合力。可惜，他已经不是哥大的教授，没有研究生团队了。此时，他的一位老朋友，哥大化学教授

rereads），小王不细说了，感兴趣不妨阅读原文（公众号回复”纳米孔测序蛋白“可领取论文PDF）。局限此项工作的局限显而易见：不真地能测定任意氨基酸组成的多肽序列，仅仅能在单个位点区分

说实话，我也只能空议论。中国人有调侃言语，”点背不能怪社会“；在美国，点背恐怕就是要怪这生产系统性、体制性恶果的社会！小王为什么要嘲仿公知语气这么说？因为不是我说的，作为不入流科研工作者，小王看到

新药公司是“目前业内唯一具备多种分子形态设计平台，可同时应用于小分子、大分子药物研发方向的公司”。“业内唯一”，好强的口气。这句话的意思就是，目前整个业内的创新药公司，无论有没有

University）医学院学医。在完成必要医学训练的同时，哈特尔在生物化学系进修博士学位。期间，他发现肝细胞的一类细胞器过氧化物酶体（peroxisome），可以被甲状腺激素代谢激活并诱发大量增殖

1336（根据预设的精确度阈值）。许多大型药企都建立有自己的结构生物学团队，侧面证明结构生物学对药物研发有重要意义。因此，结构生物学的任何进步一定为药企所欣喜和欣赏。AF

是建立在具有一定同缘关系的序列集合。既然具有同缘关系，那么凭直觉，同一集合内的序列之间应该比较“相似”。这就涉及到序列相似程度的度量，即如何量化两条序列或多条序列之间的相似度，可以用

对美国人而言，911是国耻，对911的讨论如“年经帖”一般，逢五逢十更会拿出来“反思”一番。下面这张图是芝加哥靠近中国城（Chinatown）的一处著名“景观”：美国国耻墙。中间红色的写着“阿卖瑞卡永不忘”，左边是1941.12.7（珍珠港受袭日），右边是2001.9.11。图片来源及版权见左侧水印。十年前，2011年，一位美国公知在一篇长文里如此讨论911，我粗略翻译如下：当时，我引用

2021各届奥运会，希腊的奖牌获得情况。2004希腊奥运会之后，希腊的金牌和奖牌总数断崖式下跌，哪怕2008年的参赛人数比2000还多，却只有2银1铜，最惨的2012仅仅2铜。同期，希腊的GDP

这篇文章酝酿2年了。等待的就是今天！本届奥运会，我最关心的就是军神的比赛，原因无他：37岁的老将，为了第三次征战奥运的梦想，仍然保持高水平训练奋力拼搏。吕小军，三届奥运！小军在世界上有多受欢迎？吕小军，外网常称其为The

Blackburn，2009年诺贝尔生理学医学奖，加州大学旧金山分校荣休教授“随着这些由DeepMind首创的革命性蛋白质结构研究方法的普及，这将为科学界打开了解基因组序列的生物学意义的新窗口。”

50年的发展历程，说不上波澜壮阔，依然激动人心。本文是下篇：伴随PDB的50年发展历程，结构生物学领域的诺贝尔奖。本篇是（下五）。目录（点击蓝色标题阅读）：上篇

这一决定没有得到该机构的专家咨询委员会11名成员的支持。更糟糕地，这一批准可能将研究资金分流到治疗的死胡同，而不是那些可能真正起作用的方法。作为这个专家咨询委员会的一员，本文作者为了抗议FDA批准

本文的起因是小王在知乎看到一个热议的问题：中国空间站操作界面所用文字都是中文，如何深刻理解这样做的重要意义？这当然是值得骄傲的事情，该提问下的一千多个回答中的高赞回答（小王只看了前排的高赞回答）也多在或多或少提供一些干货的同时，抒发这种情绪。小王想从一个有趣的角度

Chemistry）。他是当时众多质疑批评Wüthrich结果的科学家之一。Huber向Wüthrich提议，两个实验室各自独立用X-ray衍射和NMR解析一个新结构：a-amylase

本周三，母校恢复了中断一届的毕业典礼，在为在疫情中抵御了一年半的学子们举行了第534期毕业典礼。仿佛为了仪式而特设的仪式感，整整两年后，我才去回忆两年前我所参加的那届典礼以及待了10年的母校。目录：萌丑雕塑蛋蛋楼动物学系你们懂哲学吗？Convocation古老学者团Hooding天下无不散筵席毕业典礼前一天当然要穿上大红袍满校园到处拍照！还在用校内网的年代，羡慕来机场接我们的成器大师哥在他的人人网账户上贴的照片和配文——身穿绯红色大袍站在洛克菲勒大教堂前，仿佛圣斗士之真红少年。其实也没有满校园，因为偌大的校区，除开实验楼附近的学校中心区，其余即便不是很少去，也不了解内部的陈设和功能。离开本科母校时也是这般遗憾，然而没有遗憾还谈什么回忆呢？这座位于主图书馆

commune，也可能会随性地写一些激昂文字。因为小王出生成长于东部地区的一个世俗而传统的老回回家族，本号也会关注历史、社会学、民族史、民族学等。干货私货皆有，凭君自取。

1971年，慕尼黑工业大学的一个原本梦想学习天体物理的博士生在渐渐对固体物理产生兴趣后，听说马普蛋白与皮革研究所的所长Huber在招新，就转投Huber门下，开始研究牛胰蛋白酶抑制剂（bovine

最近的以巴冲突成功又吸引全球瞩目，甚至将世界的目光从印度疫情那里拽了过来。我想从历史角度谈一谈，为什么以色列这个国家称得上是当代的纳粹国家。一。黑犹太人大家都听说过黄犹太人（开封的蓝帽回回）和黑犹太人（埃塞俄比亚的贝塔以色列人）吧？埃塞俄比亚裔的黑肤色犹太人，又被称为贝塔-以色列人（希伯来语：בֵּיתֶאיִשְׂרָאֵל‎:

因发明单抗获得诺贝尔生理学医学奖；1990年代，单抗商业化；今日，单抗有每年数十亿美元的市场。又例如，1994年CASP1时，施本人还在JHU读博，1996年CASP2时，施正在做博后，那时

已经满员，而小布拉格又已经被下令结束了一个晶体学项目，无法接收新学生。投师Hartree，Klug接受建议去研究偏理论的课题——钢冷却过程中的奥氏体-珠光体转化(austenite-pearlite

鼓励期刊编辑和审稿人向结构提供者要求验证报告，作为手稿提交和审阅过程的一部分。报告带有日期戳，并显示wwPDB处理站点徽标。这可以为相互竞争的结构生物学研究组提供首先提交结构的证据。PDB

上周读了一本文采斐然的小书：《科学中华而不实的作风》。作者是俄国哲学家赫尔岑（1812-1870）。这本小书是赫尔岑在1840年代初写的四篇论文的合集。书名原文为

生而为数。某人答。然而，硬盘里100G的ATCG抵过墨西哥钝口螈的精灵脸吗？【图】基因库大厅展示区饲养了两只墨西哥钝口螈，这也是一种被广泛当作宠物饲养的娃娃鱼。公众号说明“小王随笔”